نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها حسب عنايت و دستور حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مدظله‌ العالي) با هدفي متعالي و در راستاي ايجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدايت الهي و در راستاي تبيين ارزشهاي اسلامي و تعميق آگاهيهاي ديني و اعتقادي دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبة نهايي اسفندماه سال 1372 شوراي عالي انقلاب فرهنگي مبني بر ايجاد سازماني جديد براي تحقق منويات معظم له ، بر اساس اهداف و وظايف معين تشكيل گرديد كه در كليه دانشگاهها و مراكز آموزش عالي به انجام وظايف مطرح در اساسنامه مي پردازد.

 
نهاد نمايندگي در دانشگاهها در جهت ذيل به اين اهداف و وظايف الهي دو اصل مهم و اساسي را فراروي خود قرار داده است:
 
- تاكيد و تلاش جدي بر حركت هاي زير بنايي و عميق فرهنگي در راستاي رشد و توسعه انديشه ها و آگاهيهاي ديني و اسلامي دانشجويان و دانشگاهيان
 
- ايجاد و تقويت روحيه تحرك و مشاركت فعال دانشجويان و دانشگاهيان در عرصه فعاليتهاي سياسي،اجتماعي و فرهنگي در سطح جامعه و دانشگاهها
 
بر همين اساس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها با اهتمام و جديت تمام نسبت به برنامه ريزي و ايجاد هماهنگي و ارتباط با نهادها و تشكل هاي دانشجويي اقدام نموده و در جهت ايجاد ارتباط با اساتيد و نيروهاي فرهنگي و مذهبي گامهاي موثري برداشته است.